未来，上海将从水源、湿地、交通、产业等领域多管齐下，全方位推动长江生态环境改善。
一、提高水安全保障
近年来，随着环保三年行动计划等滚动推进，上海水环境持续改善。上海市环保局表示，上海按严于全国的要求治理水污染，完成建成区截污纳管攻坚战，苏州河、中心城骨干河道整治和郊区“万河整治”全面实施，全市主要河道基本消除黑臭，淀山湖及周边水系水质明显改善，富营养化呈下降趋势。这些水域环境改善，直接影响长江的水体水质，避免长江在入海前遭遇新的污染。
上海市水务局指出，上海存在水源地安全保障能力的短板，城乡供水水质有待进一步提升；受上游边界来水水质、本地未纳管污染源和雨天入河污染物的影响，城乡河道水环境质量与目标要求也有一定差距。“十三五”期间，上海将进一步提高水安全保障，优化水资源配置，改善水环境面貌。一方面将建设和完善水源地保护体系，加强水源地保护力度；另一方面加快推进污水治理和河湖水系综合整治，改善河道水环境质量。
河流江水之外，湿地同样是长江生态系统的有机组成部分。上海绿化和市容管理局介绍，到2015年底，上海受保护的湿地面积已超过13万公顷，湿地保护率约为34.5%，湿地资源保护体系基本形成。下一步，上海将建立有效的湿地保护法规和管理体系，规范湿地资源利用方式，保护和恢复一批湿地生态系统。
二、经济发展不能留下污染
市交通委副主任张林表示，面对邮轮经济“成长中的烦恼”，上海正在提速推进岸电建设，邮轮靠岸后接上清洁的电力维持运行，可以有效减少污染排放。
上海市交通委表示，按照国家部署，2016年4月1日起包括上海在内的长三角将率先实施船舶减排控制区方案，船舶在长三角水域排放控制区核心港区靠岸停泊期间，使用硫含量不高于0.5%m/m的燃油。经初步测算，该方案在全国范围内实施后，到2020年，珠三角、长三角、环渤海船舶排放硫氧化物和颗粒物将比2015年分别下降65%和30%。港口方面，2015年上海发布了绿色港口三年行动计划，明确到2017年底，上海港口生产作业单位吞吐量综合能耗较2010年下降7%，港口生产作业单位吞吐量碳排放较2010年下降9%，港区PM2.5比2013年下降30%。
三、探索生态环境治理新路
市发改委表示，在围绕国家战略，推动长江经济带发展过程中，上海已经明确了环保等七个领域共28项重点工作。从2016年开始，上海将进一步加强生态建设和保护，落实分类管控制度，完善生态补偿机制；将推进长江航运绿色发展，加强船舶污染防治和清洁能源船型推广应用；将推动重点区域转型升级，推进重污染行业淘汰减量。
上海“十三五”规划纲要中，也提出建设绿色生态廊道、率先划定沿江生态保护红线等任务。规划纲要提出，到2020年，上海将明显改善水环境质量，基本消除黑臭水体；将有效改善空气质量，优良率达到80%左右；将增加绿色生态空间，生态用地面积达到3500平方公里。
上海市政府发展研究中心指出，“十三五”期间，上海可以按照“谁受益谁补偿”的原则，探索建立可行的中上游地区、受益地区与生态保护地区横向生态补偿的机制框架；也可以推动建立资源开发与环境保护市场化的运作平台，发挥上海在资源开发和环境保护方面的技术与产业优势。
